Historien sættes i gang af et mord. Renæssancetidens største forsker, Ludovicus Nonnius, bliver brutalt myrdet, idet han skal til at offentliggøre sin banebrydende opdagelse, koppevaccinen.
Vaccinen vil kunne spare hundredtusindvis af liv, men ender nu i stedet i hænderne på en loge med planer om at overtage verden og fuldføre Karl den Femtes drøm om et Storeuropa. Putto, en lille fed engel, er verdens bedste håb om frelse.
I nutiden følger en kunsthistoriker slagets gang med stigende engagement. Hun har selv en aktie i historien og kan ændre dens gang, hvis hun når frem i tide.
Putto er en hæsblæsende historie om engle, kopper, krig og kærlighed. Den begynder i Kærlighedens have i Antwerpen i 1632 og ender i Kongens København i 2008. Undervejs fortælles koppernes historie, mens et kompliceret spind af intriger, Karl den Femtes uægte børn, fordækte forskere og misdannede logebrødre fører læseren mod historiens slutning.